Neu besetzt werden auch die Fakultätsräte. Der Fakultätsrat ist die Legislative der jeweiligen Fakultät. Die Mitglieder setzen sich zusammen aus sechs Hochschullehrenden, je zwei Studenten und akademischen Mitarbeitern und einem weiteren Mitarbeiter.Die doppelte Anzahl an Mitgliedern hat der Rat einer Fakultät mit mehr als vierzig Professuren. Bis zu vier Kreuze kann man deshalb bei der Mathematisch-Naturwissenschaftlichen, der Philosophischen Fakultät und der Universitätsmedizin setzen. In der Theologischen und Rechts- und Staatswissenschaftlichen Fakultät kann man zweimal seine Stimme für die studentischen Kandidaten vergeben. Die Vertreter der Studierenden müssen jedes Jahr, die anderen Vertreter alle zwei Jahre gewählt werden.

Die Ratsmitglieder wählen die Fakultätsleitung bestehend aus dem Dekan und den Pro- und Studiendekanen. Sie beeinflussen die weitere Entwicklung und die Strukturen der Fakultät, denn sie entscheiden über grundlegende Angelegenheiten bei Studium und Lehre. Der Fakultätsrat beschließt Ordnungen und arbeitet am Hochschulentwicklungsplan der Landesregierung mit. Zudem bezieht er Stellung zu den Entscheidungen der Fakultätsleitung, zum Beispiel wenn Studiengänge verändert werden sollen.

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